폐업 시 매입세액 공제 받는 방법

많은 자영업자들이 폐업을 결정하면서 ‘이제 더 이상 세금은 상관없다’고 생각한다.
하지만 폐업 직전, 또는 폐업 시점에 받을 수 있는 절세 기회가 단 하나 남아있다.
바로 매입세액 공제다.
사업 중에 물건이나 서비스를 구매하며 발생한 부가가치세(=매입세액)는
사업용으로 사용되었을 경우 국세청에 신고하면 환급받거나 납부세액에서 차감받을 수 있다.
그런데 폐업 전 이 과정을 제대로 마무리하지 않으면,
이미 낸 부가세를 돌려받지 못한 채 사업을 끝내게 된다.
지금부터 폐업 시 매입세액 공제를 받기 위한 정확한 요건과 절차, 그리고
실제로 자주 발생하는 실수까지 꼼꼼히 정리해줄게.

매입세액 공제란 무엇인가?

사업자가 물건이나 용역을 구매할 때 부가가치세(VAT)를 함께 부담하게 된다.
예를 들어, POS 단말기를 110만 원(부가세 포함)에 샀다면,
실제로는 100만 원이 상품가격이고, 10만 원이 부가세다.
이때 사업자는 10만 원을 **‘매입세액’**으로 인정받아
분기별로 납부해야 하는 부가가치세에서 차감하거나 환급받을 수 있다.

✅ 매입세액 공제는 사업자가 납부해야 할 부가세에서
‘구매 시 발생한 부가세’를 공제받는 제도다.

폐업 시에도 이 구조는 그대로 유지된다.
즉, 폐업 전까지 발생한 사업 관련 지출 내역 중,
적격한 세금계산서나 카드전표로 증빙되는 부가세 금액은 전부 공제 대상이 된다.
이것이 폐업을 앞두고 매입세액 정리를 반드시 해야 하는 이유다.

폐업일 기준으로 공제 가능한 매입세액 범위

폐업을 하면, 폐업일로부터 25일 이내에 부가가치세 확정 신고를 해야 한다.
이 신고 시점에, 그동안의 매출세액과 매입세액을 정리해서 차액을 정산하게 된다.

✅ 공제 대상이 되는 매입세액은 다음과 같다:

• 폐업일 이전까지 공급받은 재화나 용역
• 세금계산서 또는 신용카드 매출전표로 확인 가능한 건
• 사업용으로 직접 사용한 지출
• 남은 재고 구매 시 발생한 부가세
• 임대료, 전기세, 통신비 등 고정비에 포함된 부가세

❗주의할 점은, **개인용 구매(비사업 관련)**나
세금계산서 누락, 또는 면세 대상 거래는 공제에서 제외된다는 점이다.

실무 절차: 매입세액 공제 받는 구체적 방법

폐업 시 매입세액 공제를 받기 위해서는 다음과 같은 순서로 절차를 진행해야 한다.

1️⃣ 부가세 확정신고 준비

• 홈택스 → 부가가치세 → 정기신고/기한후신고
• 신고 유형: 일반과세자 또는 간이과세자 확인
• 폐업일 기준으로 사업기간 설정

2️⃣ 매입세액 입력

• 매입세금계산서: 공급자/공급받는자 정보 확인
• 전자세금계산서가 국세청에 자동 반영된 경우 자동 불러오기 가능
• 수기로 입력한 경우, 오류 없이 공급일자 및 금액 기재

3️⃣ 기타 매입 항목 입력

• 신용카드 매입분: 홈택스 연동 가능
• 현금영수증 지출분: 사업자 지출증빙 카드로 발급된 내역만 해당
• 수입물품 관련 매입세액: 수입신고필증 필요

4️⃣ 공제 대상 확인 및 신고서 제출

• 공제 가능 항목: 사업용 명확 / 적격 증빙 보유
• 공제 불가 항목: 비사업용, 감가상각 완료 자산 등
• 신고 마감일 내 제출 후 전자접수증 저장

자주 발생하는 실수 사례

폐업자들이 매입세액 공제를 받지 못하는 이유는 대체로 아래와 같은 실수 때문이다.

❌ [실수 1] 세금계산서를 종이로 받았지만 전자 발행 미처리

• 종이 세금계산서는 홈택스에 직접 입력하지 않으면 누락됨
• 전자세금계산서가 아닌 경우, 공제 누락 가능성 ↑

❌ [실수 2] 개인카드로 결제한 사업비 포함

• 아무리 사업비라도 개인카드로 결제한 경우 공제 불가
• 사업자 명의의 카드·계좌 사용 원칙

❌ [실수 3] 폐업 신고와 부가세 신고를 따로 봄

• 폐업 신고는 별도로 진행되지만, 부가세 확정신고 안 하면 매입세액 공제 못 받음
• 두 절차를 연계해야 함

매입세액 공제 결과: 환급 VS 차감

폐업자가 매입세액 공제를 완료하면 두 가지 결과가 나온다.

🔹 ① 환급

• 매출세액 < 매입세액일 경우
• 예: 매출세액 100만 원, 매입세액 150만 원 → 50만 원 환급

🔹 ② 차감

• 매출세액 > 매입세액일 경우
• 예: 매출세액 200만 원, 매입세액 140만 원 → 60만 원 납부

부가세 환급은 보통 폐업 후 1~2개월 내 계좌로 입금되며,
폐업 당시 지정한 정산계좌를 정확히 기입해야 한다.
세무사와 함께 처리하는 경우, 환급 처리까지 위임 가능하다.

 마지막 공제를 챙기는 사람이 진짜 사업을 정리한 사람이다

폐업은 더 이상 세금을 내지 않아도 된다는 의미가 아니다.
오히려, 지금까지 낸 세금 중 일부를 ‘공제’받을 수 있는 마지막 기회이기도 하다.
세금계산서, 카드영수증, 지출증빙 등
조금만 신경 써서 정리해 두면, 수십만 원에서 수백만 원까지의 세금이 환급되기도 한다.

폐업 준비를 한다면 반드시
‘매입세액 공제 체크리스트’를 만들어 하나씩 점검하고,
신고 마감일 전에 제출하는 습관을 들이자.
그것이 현명하게 사업을 마무리하는 자영업자의 마지막 재무 전략이다.

 

📝 [폐업 시 매입세액 공제 체크리스트]

항목설명완료 여부

세금계산서 정리	공급일자 기준 전자/종이 구분	⬜
신용카드 매입 조회	사업용 카드 사용 내역만 입력	⬜
공과금 세금계산서 확보	통신비, 전기료 등 증빙 확보	⬜
홈택스 신고서 작성	매입세액 항목별 입력 완료	⬜
환급계좌 등록	폐업 신고 시 계좌 지정	⬜